之后，在学校和各方的大力支持下，研究所在科学研究、学科发展、队伍建设、人才培养等各方面均取得了长足的发展。1989年，研究所从生物系老楼搬到新落成的逸夫科学馆，实验室面积大大增加，科研条件得到显著的改善。自1997年至今，研究所在连续三期的国家“211工程”重点学科建设项目的支持下，购置了大量必需的实验设备和仪器，使得开展高水平的细胞生物学和分子生物学实验成为可能，大大提高了研究所的学术水平和科研能力。

由于学科建设和学术队伍的发展需要，经学校批准，遗传与细胞研究所于2004年进行了机构上的重组，原属研究所的“植物分子表观遗传学实验室”、“教育部农业与医药基因工程中心”、“生物膜通道实验室”分别成立校院共管的处级研究单位，分别由刘宝教授、李玉新教授、麻彤辉教授任主任，同时成立“东北师范大学细胞及分子生物学学术委员会”，由黄百渠教授任学术委员会主任，郝水院士任名誉主任，统筹上述单位的业务和学科发展等事宜。2009年麻彤辉教授调离东北师范大学后，“生物膜通道实验室”取消，成立了转基因动物中心。现在的遗传与细胞研究所包括：药物基因和蛋白筛选国家工程试验室、教育部分子表观学重点实验室、教育部农业与医药基因工程研究中心、吉林省长白山天然药物化学和生物学重点实验室、吉林省药物筛选工程试验室、吉林省现代中药工程研究中心、吉林省经济植物创新中心、吉林省神经可塑性重点实验室、东北师范大学电子显微镜中心、东北师范大学转基因动物中心等研究平台。

研究所现设有细胞生物学、遗传学和植物学三个博士点，以及生物学博士后流动站，并于2000年获得生物学一级学科博士学位授予权。研究所于1997年起被列为首批国家“211工程”重点建设的学科，2002年被批准为“细胞生物学”国家重点学科，2007年再次被评为“细胞生物学”国家重点学科。研究所及学科以现代细胞生物学、遗传学、生物化学和分子生物学的实验技术为手段，开展细胞结构与功能、表观遗传学、肿瘤和神经细胞生物学、细胞信号转导和基因表达与调控，以及基因工程和细胞工程等各方面的基础理论、应用基础以及产品开发和产业化等多层次的工作。目前正在开展的主要研究方向如下：（1）肿瘤细胞分子生物学，（2）植物染色体工程研究及育种，（3）植物远缘杂种和异源多倍体基因组的进化和功能，（4）表观遗传修饰在基因转录调控及重要细胞生命活动中作用，（5）染色质结构调整在基因转录活动中的作用，（6）黏附分子及其细胞信号转导的研究，（7）神经突起生长与导向的分子机制，（8）临床真菌免疫学相关研究，（9）植物细胞工程和分子生物学相关研究，（10）基因工程制药及中药新药。